次阅读中国西南野生种质资源库是正在建设中的国家重大科学工程，将于2006年底投入试运行，总投资1.48亿，包括植物种子库、DNA库、植物离体库、微生物库、动物种质库、信息中心、研究实验室。研究系列拟设4个研究团组：（1）种子生物学，（2）野生植物种质资源与基因组学，（3）植物进化发育遗传学（Evo－Devo）与植物生物技术（细胞和组织培养），（4）大型真菌保存研究。由此，组成统一管理的支撑系统，包括种子采集、种子库、DNA库、离体库、大型真菌库和信息库的日常运行和管理。近期收集主要以云南野生生物种质资源保护为重点，兼顾周边地区（含青藏高原），收集保存对象以野生植物种质资源为主，兼顾动物和微生物的种质资源，为我国野生生物种质资源的保护、研究、开发及合理利用提供技术支撑条件和决策依据。目标是建成国际上有重要影响、亚洲一流的较为完整的野生生物种质资源保护设施和科学体系。
基因组学的蓬勃发展已给进化生物学，生态学和野生植物种质资源的保护与利用带来了前所未有的机遇。野生植物种质资源与基因组学研究团队将紧密跟踪并及时利用重要模式植物基因组学前沿的最新进展，综合生物信息学，实验基因组学，理论群体遗传学和野外生态学等多种手段，以重要农作物及近缘野生濒危物种基因组为研究对象，探讨进化生物学和生态学中的重要问题，旨在积极发展植物进化基因组学和生态基因组学，继而在理论上和方法上丰富植物保护基因组学的发展，野生植物种质资源的保护提供手段和理论基础。
拟开展的主要研究方向为：1）种子生物学；2）植物进化基因组学研究； 3）模式植物及其近缘基因组的比较功能基因组学研究；4）生物信息学和分子进化研究；5）重要作物野生近缘种的生态与保护基因组学研究。
近期拟开展的具体研究内容主要有：1）珍稀濒危、特有和有重要经济价值植物的种子生物学；2）水稻，拟南芥和杨树及其近缘植物基因组的多倍体进化研究；3）植物基因重复后基因丢失与保留基因功能分化的进化研究；4）植物基因重复后基因转换的进化机制的研究；5）植物转座子对基因结构，表达，功能与进化的影响以及转座子在基因进化中的生态适应与选择；6）通过植物转座子在全基因组中的群体动态研究植物基因组大小变异式样，结构复杂性与基因组进化；7）水稻等禾本科植物中具有重要功能的基因家族的分子进化及其在天然居群中的生态基因组学研究；8）水稻基因组的起源，驯化选择和居群进化历史，水稻及其近缘野生稻的群体基因组学研究；9）重要农作物野生近缘的保护基因组学研究。
